Vòng loại giải bóng đá Vô địch U21 quốc gia 2025 có sự tham dự của 23 đội bóng. Các đội bóng được chia làm 5 bảng đấu A, B, C, D và E. Trong đó, Bảng A và Bảng C có 4 đội, ba bảng còn lại B, D và E mỗi bảng có 5 đội bóng tham dự.
Bảng A (do Công ty TNHH MTV Thể thao Viettel đăng cai) gồm 4 đội: Hà Nội, Hoài Đức, PVF-CAND và Thể Công Viettel. Bảng B (do Trung tâm Đào tạo Bóng đá trẻ PVF đăng cai) có 5 đội: Công An Hà Nội, Đông Á Thanh Hóa, Sông Lam Nghệ An, Trung tâm Bóng đá Đào Hà và PVF. Bảng C (do Công ty Cổ phần Thể thao Hoàng Anh Gia Lai đăng cai) gồm 4 đội: Quảng Nam, Huế, SHB Đà Nẵng và Hoàng Anh Gia Lai I. Bảng D (do Liên đoàn Bóng đá TP. Hồ Chí Minh đăng cai) gồm 5 đội: An Giang, Bình Định, Đồng Tháp, Vĩnh Long và TP. Hồ Chí Minh. Bảng E (do Công ty Cổ phần Bóng đá Bà Rịa Vũng Tàu đăng cai) có sự góp mặt của 5 đội: Đắk Lắk, Đồng Nai, Hoàng Anh Gia Lai II, Tây Ninh và CLB bóng đá TP. Hồ Chí Minh.
Các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. 12 tấm vé tham dự Vòng chung kết sẽ giành cho 5 đội nhất bảng, 5 đội nhì bảng, 1 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất và đội chủ nhà Vòng chung kết.
Trường hợp đội chủ nhà Vòng chung kết nằm trong nhóm 11 đội có thành tích tốt nhất, tấm vé còn lại sẽ được trao cho đội xếp thứ ba có thành tích tốt tiếp theo. Khi so sánh các đội xếp thứ ba ở các bảng có số đội không bằng nhau, Ban tổ chức sẽ không tính kết quả các trận gặp đội xếp cuối ở những bảng có 5 đội, nhằm đảm bảo công bằng về số trận.
Sau những vòng đấu sôi nổi và hấp dẫn, chiều qua 14/07, trên sân cỏ cả nước đã diễn ra lượt trận cuối của Vòng loại.
Tại Bảng A, U21 Hà Nội thắng đậm U21 Hoài Đức với tỉ số 7-0. Trong khi đó, U21 Thể Công Viettel hòa 1-1 U21 PVF CAND. Kết quả này đưa U21 Hà Nội và U21 Thể Công Viettel xếp nhất, nhì Bảng A cùng hai tấm vé chính thức vào Vòng chung kết. U21 PVF CAND cùng có suất đi tiếp do giành 1 trong 2 tấm vé cho đội thứ ba xuất sắc nhất.
Ở Bảng B, U21 PVF và U21 Sông Lam Nghệ An đã giành vé sớm nên trận đấu cuối giữa hai đội bóng này chỉ còn mang tính chất thủ tục. Kết quả, hai đội hòa nhau với tỉ số 1-1. Trong trận đấu còn lại, U21 Thanh Hóa thắng U21 Trung tâm Bóng đá Đào Hà với tỉ số 4-0.
Tại Bảng C, hai đội U21 Đà Nẵng và U21 Hoàng Anh Gia Lai I đều giành chiến thắng ở lượt trận cuối để đoạt hai tấm vé của bảng đấu này. Trong khi U21 Đà Nẵng giành chiến thắng 2-0 trước U21 Huế thì U21 Hoàng Anh Gia Lai I giành chiến thắng 3-1 trước U21 Quảng Nam.
Ở Bảng D, U21 Đồng Tháp và U21 TP. Hồ Chí Minh đã đoạt vé sớm. Chính vì vậy, trận đấu cuối giữa hai đội không có nhiều ý nghĩa. Kết quả, U21 Đồng Tháp thắng 2-1 trước U21 TP. Hồ Chí Minh. Trong trận đấu còn lại U21 Bình Định thắng U21 An Giang với tỉ số đậm 6-1.
Bảng E có tới ba đội bóng giành vé tham dự Vòng chung kết. Tại lượt trận cuối, U21 Tây Ninh thắng U21 Đồng Nai với tỉ số 2-0 còn U21 Câu lạc bộ bóng đá TP. Hồ Chí Minh để thua U21 Hoàng Anh Gia Lai II với tỉ số 2-4. Dù thua, kết quả này cũng vừa đủ để U21 Câu lạc bộ bóng đá TP. Hồ Chí Minh giành 1 trong 2 tấm vé cho đội thứ ba xuất sắc nhất. U21 Câu lạc bộ bóng đá TP. Hồ Chí Minh đồng thời sẽ là đội chủ nhà của Vòng chung kết giải Vô địch U21 quốc gia 2025. Hai tấm vé chính thức của Bảng E thuộc về U21 Tây Ninh và U21 Đắk Lắk.
Khép lại Vòng loại, giải bóng đá Vô địch U21 quốc gia 2025 đã xác định được 12 đội bóng xuất sắc nhất tham dự Vòng chung kết. Bao gồm: U21 Hà Nội, U21 Thể Công Viettel, U21 PVF, U21 Sông Lam Nghệ An, U21 Đà Nẵng, U21 Hoàng Anh Gia Lai I, U21 Đồng Tháp, U21 TP. Hồ Chí Minh, U21 Tây Ninh, U21 Đắk Lắk, U21 PVF CAND và đội chủ nhà U21 Câu lạc bộ bóng đá TP. Hồ Chí Minh.
Vòng chung kết giải bóng đá Vô địch U21 quốc gia 2025 sẽ diễn ra tại sân vận động Bà Rịa, Long Tâm và Tân Hưng, TP. Hồ Chí Minh từ 19/07 đến 31/07/2025./.