Theo đó, VKSND Tối cao truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" đối với Cao Minh Quang (nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế), Dương Huy Liệu (nguyên Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế), Nguyễn Việt Hùng (nguyên Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế)…
Bên cạnh đó, bốn người bị truy tố tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ," gồm Lương Văn Hóa (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long), Nguyễn Thanh Tòng (nguyên Phó Tổng giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long) và hai cựu cán bộ Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long là Nguyễn Văn Thanh Hải và Ngô Hữu Hiếu Nghĩa.
Theo cáo trạng, Công ty Dược phẩm Cửu Long được thành lập năm 2004, ban đầu có vốn nhà nước chiếm 51,07%. Đến năm 2019, sau khi nhà nước thoái toàn bộ vốn, Dược Cửu Long trở thành công ty cổ phần 100% vốn tư nhân.
Năm 2005, dịch cúm A/H5N1 diễn biến phức tạp, Thủ tướng phê duyệt kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir để phòng, chống dịch tại Việt Nam.
Bộ Y tế được giao nhiệm vụ tổ chức triển khai, chỉ đạo, giám sát việc sản xuất thuốc, dự trữ thuốc theo kế hoạch. Bộ Y tế sau đó giao Vụ Kế hoạch-Tài chính phối hợp cùng Bộ Tài chính xây dựng giá thuốc Oseltamivir sản xuất trong nước. Trong số các doanh nghiệp được Bộ Y tế đặt hàng sản xuất thuốc Oseltamivir, Công ty Dược phẩm Cửu Long là một lựa chọn.
Từ tháng 2 đến tháng 4/2006, Công ty Dược phẩm Cửu Long nhập 520kg nguyên liệu Oseltamivir với giá 9,1 triệu USD của Công ty Mambo (Singapore).
Dược Cửu Long đã thanh toán cho Mambo 5,25 triệu USD, còn lại 3,848 triệu USD được trả chậm sáu tháng kể từ ngày nhận hàng.
Sau này, giá nguyên liệu giảm, bị can Lương Văn Hóa, nguyên Tổng Giám đốc Công ty Dược phẩm Cửu Long đã chỉ đạo thuộc cấp đề nghị Công ty Mambo cho giảm giá số tiền 3,848 triệu USD; đồng thời, hoàn thiện giấy tờ để ngoài sổ sách số tiền này.
Trong nhiều lần làm việc với Bộ Y tế, ông Hóa không báo cáo và báo cáo sai sự thật về việc được giảm giá mua nguyên liệu.
Khi bị phát hiện và yêu cầu báo cáo về việc thanh toán tiền mua nguyên liệu, bị can Hóa tiếp tục chỉ đạo cấp dưới làm các thủ tục lòng vòng để hợp thức hồ sơ thanh toán.
Cáo trạng xác định, số tiền mà Dược Cửu Long giữ lại không thanh toán cho Công ty Mambo là khoản tiền có nguồn gốc thuộc ngân sách nhà nước.
Các bị can tại Công ty Dược Cửu Long đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao để làm trái công vụ, trái nguyên tắc tài chính, cố ý không báo cáo Bộ Y tế, Bộ Tài chính để hạch toán giảm nợ và ghi giảm giá vốn. Hành vi này dẫn tới ngân sách bị thiệt hại 3,848 triệu USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng).
Cáo trạng xác định, ông Quang là Trưởng ban chỉ đạo các vấn đề liên quan thuốc Tamiflu, có trách nhiệm kiểm tra việc quản lý giá với các doanh nghiệp sản xuất thuốc theo đơn đặt hàng của Bộ Y tế. Sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng, ông Quang biết rõ Dược Cửu Long chưa thanh toán 3,84 triệu USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo kiểm tra, làm rõ.
Hơn nữa, khi Bộ Tài chính có văn bản đề nghị Bộ Y tế làm rõ bản chất số tiền mà Dược Cửu Long chậm trả nhà cung cấp để có biện pháp thu hồi tài sản cho Nhà nước nhưng ông Quang không thực hiện. Hành vi này của cựu Thứ trưởng bị đánh giá gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 3,84 triệu USD. Quá trình điều tra, ông Quang đã tự nguyện khắc phục 1,5 tỷ đồng.
Cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược Nguyễn Việt Hùng thừa nhận, có thiếu sót khi chưa tham mưu đầy đủ cho lãnh đạo Bộ Y tế, không chỉ đạo kiểm tra hay đề xuất kiểm tra tiếp đối với số tiền 3,848 triệu USD của Công ty Dược phẩm Cửu Long, không tổng hợp ý kiến thành viên đoàn kiểm tra để làm rõ công ty đã thanh toán tiền mua nguyên liệu hay chưa…
